Les conférences se déroulent au cœur du musée et des collections, dans la salle des sculptures de Notre-Dame de Paris. Elles donnent la parole à différentes personnalités du monde de la recherche ou des musées et abordent des sujets qui lient le monde médiéval aux questionnements contemporains. Ces conférences s’adressent à tous les publics initiés ou amateurs du Moyen Âge. Elles sont réservées aux adultes. 

Le musée propose plusieurs cycles de conférences autour de l’actualité de la recherche (Actualité du Moyen Âge), de la matérialité des collections (Autour de l’objet médiéval) ou des expositions temporaires (Autour de l’exposition). Fruit d’un partenariat, le cycle "Nouveau collège de Cluny" donne la parole à des chercheurs de l’université Paris I Panthéon-Sorbonne.